En el procés amb l'EMDR, el terapeuta treballa amb el pacient per identificar un problema específic que serà el focus del tractament. El pacient descriu l'incident traumàtic, a partir del qual és ajudat pel terapeuta perquè seleccioni els aspectes més importants i que més l'angoixin del dit incident. Mentre el pacient fa moviments oculars (o qualsevol altra estimulació bilateral) vénen a la ment altres parts del record traumàtic o altres records. El terapeuta interromp els moviments oculars de tant en tant per assegurar-se que el pacient estigui processant adequadament.
L'estimulació bilateral pot ser:
a) Visual: el pacient mou els ulls d'una banda a l'altra guiat pel terapeuta
b) Auditiva: el pacient escolta sons alternats a les dues orelles
c) Kinestésica: el terapeuta colpeja suaument i de forma alternada sobre les mans o les espatlles del pacient. Això facilita la connexió entre els dos hemisferis cerebrals aconseguint el processament de la informació i la disminució de la càrrega emocional.
El terapeuta guia el procés, prenent decisions clíniques sobre la direcció que ha de seguir la intervenció. La meta és que el pacient processi la informació sobre l'incident traumàtic, portant-lo a una “resolució adaptativa”. En les paraules de Francine Shapiro, això significa:
a) una reducció dels símptomes
b) un canvi en les creences
c) la possibilitat de funcionar millor a la vida quotidiana.
L'abordatge emprat a EMDR se sustenta en tres punts:
1) experiències de vida primerenca
2) experiències estressants del present
3) pensaments i comportaments desitjats per al futur
El tractament amb EMDR pot ser des de 3 sessions per a un trauma simple fins a més d'un any per a problemes complexos.