En el proceso con EMDR, el terapeuta trabaja con el paciente para identificar un problema específico que será el foco del tratamiento. El paciente describe el incidente traumático, a partir del cual es ayudado por el terapeuta para que seleccione los aspectos más importantes y que más lo angustian de dicho incidente. Mientras el paciente hace movimientos oculares (o cualquier otra estimulación bilateral) le vienen a la mente otras partes del recuerdo traumático u otros recuerdos. El terapeuta interrumpe los movimientos oculares cada tanto para asegurarse que el paciente esté procesando adecuadamente.
La estimulación bilateral puede ser:
a) Visual: el paciente mueve los ojos de un lado al otro guiado por el terapeuta
b) Auditiva: el paciente escucha sonidos alternados en ambos oídos
c) Kinestésica: el terapeuta golpetea suavemente y en forma alternada sobre las manos o los hombros del paciente. Esto facilita la conexión entre los dos hemisferios cerebrales logrando el procesamiento de la información y la disminución de la carga emocional.
El terapeuta guía el proceso, tomando decisiones clínicas sobre la dirección que debe seguir la intervención. La meta es que el paciente procese la información sobre el incidente traumático, llevándolo a una «resolución adaptativa». En las palabras de Francine Shapiro, esto significa:
a) una reducción de los síntomas
b) un cambio en las creencias
c) la posibilidad de funcionar mejor en la vida cotidiana.
El abordaje empleado en EMDR se sustenta en tres puntos:
1) experiencias de vida temprana
2) experiencias estresantes del presente
3) pensamientos y comportamientos deseados para el futuro
El tratamiento con EMDR puede ser desde 3 sesiones para un trauma simple hasta más de un año para problemas complejos.